学术界对太湖的形成一直以来有着不同的认识和争议。主要有构造成湖论、泻湖成因说、陨石冲击坑说等等。 构造成湖论认为,太湖平原原是一个大的海湾,以后不断为水和沉积物所填充,演化成现在的湖泊;泻湖成因说认为,太湖平原原是一个大的海湾,在全新世高海面时,曾受到广泛的海侵,以后随海水退却形成封闭的湖泊;陨石冲击坑说认为,距今5000万年前,一颗巨大的陨石从东北侧方向撞击地面,造成相当于1000万颗广岛原子弹爆炸的巨大冲击,留下了2300多平方公里的陨石坑,即现在的太湖。 直至2009年,南京大学地球科学系王鹤年、谢志东、钱汉东三名教授找到了太湖属陨石冲击成因的关键性证据,确认了太湖系陨石冲击形成的。这项研究成果发表在2009年第4期《高校地质学报》上。由南京大学地球科学系陨石专家王鹤年、谢志东、钱汉东组成的课题组经过分析鉴定,确证目前在太湖沉积淤泥中发现的各种奇石与石棍,保留了明显的冲击溅射特征,显示其形成经历了冲击震碎、熔融、挖掘抛射、空中飞行等阶段,最终溅落在冲击坑及其周围。同时,溅射物表层结构保留了气流刻蚀纹,并有熔珠和铁质熔壳;溅射物内部岩屑、晶屑中保留有受冲击应力形变的证据;溅射物铁质熔壳内包裹有石英、长英质及菱铁矿等冲击形成的粉尘。 经研究证实,太湖冲击溅射物产生于太湖陨石冲击坑形成的第二阶段和第三阶段,即冲击震碎的岩屑、晶屑、尘粉及熔融物体等混合体被高速抛射至空中,再回落或溅落到冲击坑及其周围,太湖及周边的湖泊淤泥层保存了其中一些溅射物。同时,此项研究成果指出,太湖冲击坑的形成应该小于1万年。