There are many clouds in the sky. It looks as if it is going to rain.

as if : 意思是：好像、仿佛。引导方式状语从句。
as if 引导的方式状语从句可以是虚拟语气，也可以不是虚拟语气。
1.as if 引导的方式状语从句可以不是虚拟语气。例如：These two foreign teachers speak English as if they are from England. 这两个外籍老师讲英语，好像他们是从英国来的。这是有依据的“好像”，因为是“外籍教师”(foreign teachers ), 肯定来自国外，说的又是英语 (speak English), 那么肯定来自说英语的国家，可能是说话带英式英语的口音，所以听话人判断“这两个外籍老师好像来自英国，这个“好像”是有事实依据的，不是虚拟语气，as if they are from England 中动词用: are。
There are many clouds in the sky. It looks as if it is going to rain.天空中有很多云，看上去好像要下雨。这里的“好像”后引导的从句属于类似用法，有符合逻辑的事实依据：There are many clouds in the sky. 即“天空中有很多云”，所以“好像要下雨”(as if it is going to rain)是极有可能出现的结果，所以 as if it is going to rain 也不是虚拟语气, 因此动词也用 is。
2. as if 引导的方式状语从句表示虚拟语气时，时态要前移，即：(1). 如果表示现在的情况,用过去时态 ，即动词用一般过去式 (be 动词应该用 were)；(2). 表示过去的情况，用过去完成时态，即“had +过去分词”；(3). 表示将来情况，用过去将来时态，即“would + 动词原形”或者“should + 动词原形"。例如：您给出的例句如果改成：There is a lot of smoke in the sky. It looks as if it were going to rain. 天空中有很多烟雾，看上去好像要下雨。注意现在是天空中有“烟雾”而不是“乌云”，从气候知识看，烟雾不是正常的气候现象，而极可能是人为造成的，不是“要下雨”的气候前提，所以“下雨”的可能性不大，“好像要下雨”是不大可能出现的结果，并且动词用的是：were going to, 因此：It looks as if it were going to rain. 中 as if it were going to rain 就是虚拟语气。
请注意：虚拟语气除了从动词时态上判断外，还应该注意的一点：就是虚拟语气句子表达的意思是与实际情况不太符合的或者出现的可能性不大的，我这样讲的意思是：如果只是将动词的时态改成虚拟语气的时态，而从句子整个意思看某件事情出现的可能性很大时却用了虚拟语气，那这样的句子就是误用虚拟语气的句子。例如，如果只是将您给出的句子中as if 引导的从句中的动词 is 改成 were, 即：There are many clouds in the sky. It looks as if it were going to rain.，这句话中，前半句是“天空中有很多乌云”，那么此时下雨的可能性很大，所以后半句中“好像要下雨”是不能用虚拟语气的，即不能将 is 改成 were 的。在这里将虚拟语气的表达形式和它的真正含义作了简略介绍，但愿对您有帮助。
祝您学习进步。