这个问题还是很easy的
MEGA 4
1.打开MEGA4软件
2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在弹出的窗口中选择create a new alignment
4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析
输入序列什么的就不说了
5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默认参数进行多序列比对
7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer
8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法，依据不同标准，需求选择
10.调好参数，计算就可以了
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