学院下设基础医学系、临床医学系、护理学系等3个教学系部，以及基础医学教学实验中心和临床技能实验教学中心。其中基础医学系下设解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子医学、生理学与药理学、病理学与病理生理学、病原生物学与免疫学以及预防医学六大教研室；临床医学系设在江南大学附属医院（无锡市第四人民医院），拟建设全科医学、诊断学、外科学、妇产科学、儿科学、外科总论学、医学技术与五官科学（含影像、核医学、皮肤科学、耳鼻咽喉头颈外科学、口腔科学，眼科学）、中医学教研室以及综合教研室（含传染病学，精神病学与精神卫生学，重症医学，康复医学，医学导论等）。
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