氨基酸是两性电解质。由于氨基酸含有酸性的羧基和碱性的氨基,所以既是酸又是碱,是两性电解质。有些氨基酸的侧链还含有可解离的基团,其带电状况取决于它们的pK值。由于不同氨基酸所带的可解离基团不同,所以等电点不同。
除甘氨酸外,其它都有不对称碳原子,所以具有D-型和L-型2种构型,具有旋光性,天然蛋白质中存在的氨基酸都是L-型的。酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸具有紫外吸收特性,在280nm处有最大吸收值,大多数蛋白质都具有这些氨基酸,所以蛋白质在280nm处也有特征吸收,这是紫外吸收法定量测定蛋白质的基础。
氨基酸的α-羧基和α-氨基具有化学反应性,另外,许多氨基酸的侧链还含有羟基、氨基、羧基等可解离基团,也具有化学反应性。较重要的化学反应有:(1)茚三酮反应,除脯氨酸外,所有的α-氨基酸都能与茚三酮发生颜色反应,生成蓝紫色化合物,脯氨酸与茚三酮生成黄色化合物。(2)Sanger反应,α-NH2与2,4-二硝基氟苯作用产生相应的DNB-氨基酸。(3)Edman反应,α-NH2与苯异硫氰酸酯作用产生相应的氨基酸的苯氨基硫甲酰衍生物(PIT-氨基酸)。Sanger反应和Edmen反应均可用于蛋白质多肽链N端氨基酸的测定。