企业是否帮你交纳的社保，是否配合你提交相关的工伤用定手续，这些都不影响你申请工伤认定。就你的情况来看，因为你没有办法提供更多的证据证明双方的劳动关系，如果企业否认你们的劳动关系，你的工伤认定将会比较的麻烦，时间也可能会拖得比较长，但是这些问题都是可以克服的。
