崇明县目前由崇明岛、长兴岛、横沙岛组成，三岛陆域总面积1411平方公里。
其中崇明岛位于西太平洋沿岸中国海岸线的中点地区，地处中国最大河流长江入海口，是全世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿，有“长江门户、东海瀛洲”之称。全岛三面环江，一面临
海，西接滚滚长江，东南濒浩瀚东海，西南与浦东新区、宝山区及江苏省太仓市隔水相望，东、北与江苏省海门市、启东市一衣带水。全岛面积1267平方公里，东西长80公里，南北宽13至18公里。岛上地势平坦，无山岗丘陵，西北部和中部稍高，西南部和东部略低。90%以上的土地标高（以吴淞标高0米为参照）在3.21米至4.20米之间。岛屿地理位置在东经121°09′30〃至121°54′00〃，北纬31°27′00〃至31°51′15〃，地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。岛上水土洁净，空气清新，生态环境优良，居民平均寿命76.7岁。
长兴岛位于吴淞口外长江南水道，东南邻横沙岛，东北伴崇明岛。岛呈带状，东西长26.8公里，南北宽2~4公里。面积88平方公里，其中滩涂面积8.5平方公里，可耕地面积26.2平方公里（不包括前卫农场）。南沿有深水岸线近20公里，一般水深-12米至-16米，最深处-22米，可停靠30万吨级轮船。
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