DNA分子很小，其直径只有2nm，在它们身上进行“手术”是非常困难的。
因此基因工程实际上是一种“超级显微工程”，对DNA的修饰、切割、缝合，必须有特殊的工具酶，如限制性内切酶、甲基化酶、DNA聚合酶（大肠杆菌DNA聚合酶I，T4、T7：DNA聚合酶，Klenow：DNA聚合酶，耐热DNA聚合酶）、末端转移酶、反转录酶、连接酶、T4多核苷酸激酶、碱性磷酸酶、核酸酶等。
