增值税核算时要分明细科目，如销项税、进项税、进税税转出、出口退税等。当本月进项税发生额过多，很有可能出现应交税金期末是负数，也就是借方余额，很正常的。
你公司现在只有进项税，没有销项税应交税金期末数是借方(也就是负数）正常的
