主要还是看专业。
华科是工科学校，工科普遍比武大好很多。其中机械，电气，热动，材料，光电等学科国内一流。而因为武大合并了武测和武水，测绘类和水利类这两个学科不知道甩了华科几条街。
医科方面两个学校各有千秋，华科合并了同济医学院，临床方面华科稍强，口腔医学武大领先。
经管类和文史类专业，武大底蕴厚，华科发展快，总体说来武大较强。
理科类专业，武大是综合型大学，显然理科占优，华科的理科总的说来要差些，不过各学科依托工科型大学在应用上的优势还是很有特色。 希望你权衡一下。
综合当然是武大了，武大就是综合类的高校，华科是纯工科的院校
现在中国的大学重理轻文，所以理科大学实力排名都在综合类学校的前面
华科里面的文科学科都很一般，只不过是为了应付综合性大学的建设而设置的
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