禽流感的潜伏期从几个小时到3～5天不等。禽流感的临床症状也表现千差万别，从无症状感染到呼吸道疾病和产蛋下降，再到死亡率达100%的急性败血症不等。
感染H5N1亚型高致病性禽流感时，多为急性病例，常突然发病，不出现任何症状即死亡。病程为1～2天，体温升高至43.3～44.4℃，拒食、精神高度沉郁，头部肿胀，鸡冠和肉髯发黑、水肿，眼结膜发炎、分泌物增多。呼吸困难，常发出“怪叫”声，并有灰红色渗出物，严重者可引起病鸡窒息死亡。有的病鸡出现下痢和神经症状，蛋鸡产蛋下降甚至停产，致死率达50%～100%。
感染低致病性禽流感时病鸽表现精神沉郁，食欲减少，呼吸困难，可视黏膜发绀，头肿，流泪，流鼻液，下痢，可能有短时间发热。产蛋量急剧下降，产蛋量可能下降至5%～10%，甚至停产，蛋品质下降，破蛋、砂壳蛋、软皮蛋和畸形蛋等增多，死亡率为10%～40%。
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