转录因子被激活后通过识别特异的核苷酸序列，并与之结合，来启动和调控其靶基因的表达。下游的靶基因就是指这个被转录因子调控的基因，因为 ”配体——受体——蛋白激酶——转录因子——靶基因“这样一个通路中，靶基因位于下游位置。
