2009年转基因的过程可能对生物体产生非预期的影响，转基因食品的长期安全性并没有定论。转基因木瓜仅将木瓜环斑病毒的一段基因导入到木瓜中，通过RNA干扰的方法来防治该病毒病。包括转基因木瓜在内的转基因作物也可能对环境造成危害，包括对生物多样性的威胁、非靶标生物的影响、通过基因漂流影响其他物种。我国市场上销售的国产木瓜全部都是转基因木瓜
