如何构建系统发育树

2024-11-22 23:58:01

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1、获得序列
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、NCBI上做BL AST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列(FASTA格式文件)下载下来，或点击GENBANK登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.TXT文档中。
3、比对序列，比对结果转化为*.MEG格式
用MEGA 5.0的CLUSTALW做多序列联配，比对结果用*.MEG格式保存。或者用CLUSTAL X软件进行比对，比对结果保存为*.ALN,再用MEGA 5.0转化为* MEG格式。
4、构建系统进化树
打开保存的*.MEG格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。