自治区行政区包括23个市、7个地区、5个自治州、68个县和自治县。23个市：自治区管辖地级的乌鲁木齐市（自治区首府）和克拉玛依市；石河子市、阿拉尔市、图木舒克市、五家渠市、北屯市（交兵团管理的5个县级市）；其余16个县级市交所在的自治州或地区代管：哈密市、吐鲁番市、阿克苏市、喀什市、和田市、伊宁市、塔城市、阿勒泰市、奎屯市、博乐市、昌吉市、阜康市、库尔勒市、阿图什市、乌苏市、米泉市。7个地区：哈密地区、吐鲁番地区、阿克苏地区、喀什地区、和田地区、塔城地区、阿勒泰地区。5个自治州：伊犁哈萨克自治州、博尔塔拉蒙古自治州、昌吉回族自治州、巴音郭楞蒙古自治州、克孜勒苏柯尔克孜自治州。68个县中有6个民族自治县（察布查尔锡伯自治县、和布克赛尔蒙古自治县、木垒哈萨克自治县、巴里坤哈萨克自治县、焉耆回族自治县、塔什库尔干塔吉克自治县）。
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