全市辖7个街道、17个镇:玉屏街道、龙山街道、龙江街道、音西街道、宏路街道、石竹街道、阳下街道,海口镇、城头镇、南岭镇、龙田镇、江镜镇、港头镇、高山镇、沙埔镇、三山镇、东瀚镇、渔溪镇、上迳镇、新厝镇、江阴镇、东张镇、镜洋镇、一都镇。市人民政府驻玉屏街道一拂路路。境内有江镜华侨农场、东阁华侨农场等。
2008年福清市下辖的镇有:海口镇、城头镇、南岭镇、龙田镇、江镜镇、港头镇、高山镇、沙埔镇、三山镇、东瀚镇、渔溪镇、上迳镇、新厝镇、江阴镇、东张镇、镜洋镇、一都镇、江镜华侨农场、东阁华侨农场
现在据传东瀚镇、高山镇和沙埔镇划到平潭实验区
7街17镇:玉屏街道、龙山街道、龙江街道、音西街道、宏路街道、石竹街道、阳下街道,海口镇、城头镇、南岭镇、龙田镇、江镜镇、港头镇、高山镇、沙埔镇、三山镇、东瀚镇、渔溪镇、上迳镇、新厝镇、江阴镇、东张镇、镜洋镇、一都镇