在白令海的一场任务中，英国特种空勤团新成员“肥皂”麦克塔维什中士在普赖斯上尉和加斯等其他队友的带领下突袭了一艘可疑货船，并在船上发现核装置。突然该船遭到米格战斗机袭击，队伍只能撤退，而带出来的货物清单提供了俄罗斯极端民族主义分子组织和中东的一个反叛派系相互勾结的证据。俄罗斯极端分子头目伊姆兰·扎卡耶夫希望将他的家园恢复到苏联时期的境况，并通过资助中东一个无名小国由分离主义者哈立德·阿勒阿萨德发起的政变来转移国际社会的的注意力。在阿勒阿萨德在电视直播中枪毙了中东国家总统阿勒富纳里并取得政权后，英国和美国发起了一场维和行动来阻止这两个地区的暴乱。英国特种空勤团将他们被俄罗斯极端分子集团监禁的情报员尼古莱（Nikolai）解救了出来，但是中途小分队所乘坐的直升机被击落，不得不徒步穿越武装分子控制区，好在后来得到了AC-130空中炮艇的支持。
在美军对中东国家的袭击中，由瓦斯克斯中尉和保罗·杰克逊中士带领的海军陆战队第1侦查部队试图搜索阿勒阿萨德的下落，但只找到了一家正在播放阿勒阿萨德的政治宣传节目的电视台。陆战队随后加入了入侵行动协助陆军。但是在行动的尾声，美国中央指挥部（United States Central Command）被海豹六队告知在战场附近有一处核武器，并派遣核应急支持小组（Nuclear Emergency Support Team，NEST）拆除该装置。不幸的是，核弹突然爆炸，夷平了整座城市。瓦斯克斯和他的部队所在的直升机处于爆炸半径中，杰克逊也在不久后死亡。
英国方面随后了解到在美国海军陆战队进攻之前阿勒阿萨德就已经潜逃。在情报员尼古拉的帮助下，特种空勤团在阿塞拜疆靠近俄罗斯的北部边境找到并讯问了阿勒阿萨德。当得知是扎卡耶夫提供了核弹后，普赖斯上尉处死了阿勒阿萨德。随后，普赖斯上尉回忆起15年前他在乌克兰普里皮亚季刺杀扎卡耶夫的任务。在切尔诺贝利核电站事故和苏联瓦解的余波中，扎卡耶夫利用骚乱在核扩散中获利，并利用他新获得的财富来吸引前苏联的军队组成他的极端分子团体。当时，普赖斯和他当时的上司麦克米伦上尉在英国政府的命令下一起执行暗杀扎卡耶夫的机密任务。麦克米伦发现了扎卡耶夫，普赖斯使用巴雷特M82A1狙击枪向他射击，但却只射下他的左臂。这两名特种兵随后被敌军追击，惊险地逃生。
回到现实中，一个由普赖斯上尉带领的特种空勤团、格里格斯上士带领的海军陆战队第1侦查部队余部、卡马洛夫中士带领的俄罗斯部队展开了一场旨在阻止扎卡耶夫的联合行动。他们试图抓住扎卡耶夫的儿子维克托来讯问他的下落，但在还来不及讯问时扎卡耶夫的儿子就自杀了。扎卡耶夫因而被激怒，谴责西方国家要为其儿子的死负责，并计划向美国发射装载核弹头的弹道导弹来报复。然而，行动小队成功地拆除了导弹，并在扎卡耶夫及其武装的追击中乘坐两辆吉普车逃离了导弹设施。
在队伍几乎成功跨过一座桥逃离时，一架武装直升机击毁了这座桥并困住了他们。扎卡耶夫的武装追了上来并与队伍的剩余成员交火。突然，Gaz从卡马洛夫中士的呼叫中得知其部队正在前来协助英美军队的途中。这时，随着直升机的一通无控火箭弹，大部分士兵都因此失去了战斗能力，格里格斯也在将麦克塔维什推向安全区域后不久被击中。扎卡耶夫和他的两个保镖处死了Gaz和队伍的其他成员。当他走向麦克塔维什和普赖斯时，突然因为他的武装直升机被摧毁和俄政府军武装直升机的到来而分散了注意力。当扎卡耶夫看向别处时，普赖斯将他的手枪扔给了麦克塔维什，由他击毙了扎卡耶夫和他的两名保镖。而后卡马洛夫和他的部队抵达，将麦克塔维什救走。
《使命召唤：现代战争2》的故事被设定为《使命召唤4：现代战争》故事的5年后。为应对日益严峻的国际局势，英国的特种空勤团、美国的中央情报局和陆军旗下的特种部队联合组建了“141特遣部队”（Task Force 141）。同时，在经历了内部的权力斗争后，原俄罗斯极端民族主义恐怖组织由伊姆兰·扎卡耶夫的前副官之一弗拉基米尔·马卡洛夫掌权。
尽管前作中美国海军陆战队和英国特种空勤团做出了种种努力，俄国还是被极端民族主义分子所控制，扎卡耶夫也被吹捧成英雄烈士。与此同时，马卡洛夫开始领导恐怖分子制造多起恐怖活动的方式来对抗欧洲。
游戏开始于阿富汗，隶属第75游骑兵团的约瑟夫·阿伦（玩家）协助部队清剿在城市里的武装民兵。由于出色表现，谢波德将军招募艾伦成为跨国籍反恐部队“141特遣部队”的一员，并通过CIA安排他成为一名卧底渗透马卡洛夫的组织。同时，前作的主角“肥皂”麦克塔维什成为了141特遣部队的队长，并带领“小强”桑德森（玩家）潜入位于天山山脉的俄国空军基地回收坠落俄国境内的人造卫星中的ACS模组。而艾伦参与了马卡洛夫在扎卡耶夫国际机场（参考自现实中的谢列梅捷沃国际机场）制造的一起恐怖活动，使用机枪射杀手无寸铁的平民，但马卡洛夫已经知道了艾伦的卧底身份（与谢波德有勾结），故意在这次恐怖活动中杀了阿伦，将他的尸体留在袭击现场，借此将这次恐怖袭击的罪名安在美国身上。俄国人经过调查发现袭击机场的人中阿伦是美国CIA特工，于是认定这次恐怖袭击得到了美国的赞助（其实极端政府早已有与美国开战的打算，只是需要一个借口而已）。
俄罗斯在“肥皂”等人夺回ACS之前抢先破解了模组，并利用当中的数据瘫痪了美军的卫星网络，随后对美国东海岸进行了突袭。来自第75游骑兵营的詹姆斯·拉米雷斯（玩家）由福利中士领导抵抗俄国对弗吉尼亚州以及华盛顿特区的攻击。越来越多的美军为了阻止俄军控制城市而进行了激烈的战斗。同时在“肥皂”的带领下，141特遣队试图寻找马卡洛夫的踪迹。他们发现机场袭击时使用的军火是由巴西一个军火商提供的，随后他们来到了里约热内卢调查但却进入了死胡同：这名军火商并没有什么有价值的情报。于是“肥皂”决定营救一名被关押在俄国古拉格的囚犯，据说他是马卡洛夫最痛恨的敌人，以此为诱饵引他出来。在海豹突击队与海军陆战队的协助下，“肥皂”成功的营救了这名囚犯，并惊讶的发现此人正是过去的上司的普莱斯上尉。普莱斯认为应该先采取极端手段结束美国本土上的战斗再全力寻找马卡洛夫，但谢波德持相反意见。因此普莱斯暂时脱离了指挥，在“肥皂”的协助下劫持了一艘俄国的核潜艇向华盛顿特区上空发射了一枚洲际导弹，不过普莱斯设置让导弹在高大气层爆炸。国际空间站的一名宇航员（玩家）目睹了此场景，但随后空间站也被爆炸产生的冲击波所摧毁。爆炸产生的电磁脉冲瘫痪了包括俄军在内美国东部的所有电子设备与载具。随后弗利的小队和生还的美军趁著俄军载具瘫痪之际向被俄军占据的白宫进攻，期间他们发现美国空军误以为华盛顿特区已失守，决定炸平整座城市。于是福利和小队一起重新夺回白宫，并赶及在轰炸开始前于白宫屋顶上点燃了绿色信号弹，取消了地毯式轰炸计划。
情报表示仍然在逃的马卡洛夫有可能藏匿在两个地点，于是特遣队兵分两路：“肥皂”和普莱斯负责调查阿富汗的飞机墓场，“幽灵”和“小强”则调查高加索山脉一座别墅。“幽灵”和“小强”到达别墅并未发现马卡洛夫，但是截获了有关他活动的重要情报。前来接应他们的谢波德却突然开枪射杀了幽灵和小强，并毁尸灭迹。原来谢波德因五年前追捕阿尔·阿拉萨德的行动而造成核弹爆炸损失三万人马（即前代关卡《Act 1: Shock and Awe》和《Act 1: Aftermath》），感到沮丧耻辱的同时开始改变想法，利用马卡洛夫制造全球性的危机发动战争，把自己塑造成一个国际英雄。普莱斯和“肥皂”在尼古莱的帮助下逃脱了谢菲尔德的追杀，但成为了全球头号通缉犯。最后他们决定向谢波德报复，向谢波德在阿富汗的军事基地进行一次自杀式的任务。经过一系列的追逐和打斗后，身受重伤的“肥皂”用飞刀杀死了谢波德。这时尼古莱的直升机赶到，说他可以把两人带到一个安全的地方。
是四还是六啊？
四的剧情大体就是反恐，游戏主要围绕某个国家军事叛乱以后其领导人对世界各国发动的恐怖袭击，而你就是那个“兰博”。期间你会扮演各种角色。
六的剧情也差部多，不一样的是你的对手换成了美军的内鬼，而且还是一直指挥你的顶头上司。结局和四差部多，都是历经磨难杀死对方老大。
还有部明白的或是我没说清楚的QQ上问我吧。95848428
4是美国与俄国打一个恐怖主义国家,6是美国和俄国打,剧情接在4后面
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