A、噬菌体是病毒，不能独立生存，因此要标记噬菌体，需要用带有放射性的细菌培养噬菌体，A错误；
B、如果噬菌体与大肠杆菌混合培养时间过长，则噬菌体增殖后从大肠杆菌中释放出来，导致上清液的放射性增高，B错误；
C、由于DNA分子的半保留复制，所以32P标记的T2噬菌体侵染大肠杆菌，具有放射性子代噬菌体比例低，C错误；
D、由于32P标记的T2噬菌体的DNA分子进入了大肠杆菌，所以即使在离心前未充分搅拌，对沉淀放射性也无影响，D正确．
故选：D．
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