A、酵母菌属于真核生物中的真菌，A错误；
B、曲线AB段可以看出，酵母菌的数目迅速增加，说明此时酵母菌进行的有氧呼吸并进行大量繁殖，有氧呼吸的场所是细胞质基质和线粒体，B错误；
C、曲线BC段酵母菌的数量仍有一定程度的增长，并且B点为无氧呼吸的起始点，因此BC段仍有较弱的有氧呼吸，C错误；
D、曲线中可以看出，从C点开始，葡萄糖的量已经降到低值，乙醇含量较高，并且此时溶液中无氧呼吸积累了较多的二氧化碳，使溶液的PH值下降，这些都是酵母菌种群数量下降的原因，D正确．
故选：D．
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