A、孟德尔在研究豌豆杂交实验时，运用了假说-演绎法，A正确；B、萨顿运用类比推理法提出基因在染色体上的假说，B正确；C、摩尔根运用假说-演绎法证明基因在染色体上，C错误；D、沃森和克里克研究DNA分子结构时，运用了建构物理模型的方法，D正确．故选：C．
