最多的是金(佐渡、仙台、岩手)、银(本州西部)。
日本的矿产资源贫乏,虽然其矿产资源种类较齐全,但蕴藏量都很小,因而有人称之为“金属资源标本国”。其主要原因是日本的地面将近2/3为新生界及新期火成岩之喷出岩,地质构造运动激烈且断层多,导致矿床小、矿层薄、矿石杂质含量高。
在日本的矿藏中,煤、石灰石、硫磺以及铜、铋等的蕴藏量相对较大。煤主要分布在北海道和九州。日本煤炭蕴藏量约为86亿吨,已探明的可开采储量仅为10亿吨,这当中有2/3靠近海域,水份和瓦斯含量高,开采费用高。在金属矿中,铜的蕴藏量和开采量都居前列。铜矿区达2000余个,以本州岛的枥木、岩手、秋田、茨城等县为主要产地。硫磺主要产自本州和北海道地区。