基因克隆和序列分析相关问题

首先高质量的测序结果需要好的样品来进行是测序成功前提。一个反应成功一个取消，可能存在为非特异扩增。或者单引物扩增现象存在。还有就是引物问题，一般兼并引物、随机引物及标记性引物、不纯的引物及长片段引物等不适合测序。测序必须为特异性引物。还有就是可能存在结构.具体的原因结合峰图才能够确定.建议您克隆载体实验.
你测序所得峰图是否单一.如果不是单一峰图你比对有所差异很正常.
如果为单一峰图存在差异原因：一是，PCR扩增过程中产生错误，其次，测序准确率的问题。由于测序仪准确率的限制，在一个较长的序列中发生碱基错误是难以避免的。在确认克隆准确无误的情况下，通过双向测序可以最大限度的减少测序的错误。只进行单向测序无法保证完全准确，这是仪器ide精确度来决定的。而您的只有部分能够比对，在峰图单一的情况下可以设计引物获得全序列。再与文献序列进行比对.排除测序造成.其次如若为套峰，那就是扩增问题.具体的你可以还可以咨询当时的测序公司技术。

1. 测序最好克隆到载体后进行，比直接测PCR产物好
2. 测序短，说明你的样本里有抑制剂，比如EDTA等。样本要用水稀释，不能含有抑制剂
3. 同源性只有34%，说明不是同一种属的。
4. 如果有好几个，那你可以做一个进化树分析，看看远近程度。