关于《藤野先生》的主题思想，近年来在教学和研究中论争颇为热烈。有说主要是以作者思想感情的演变为线索，爱国主义好比一条红线贯穿全篇，主题不在写藤野先生；有说主题思想即是藤野先生的优秀品质，表现作者的爱国主义精神是次要的；有的将此二者等同一律，认为主题思想既是歌颂藤野，又是记叙自己的爱国主义思想历程的。
对藤野先生的怀念以及对旧社会人们的麻木不仁便是愤恨和惋惜，以及对国家的热爱
