挂牌公司分层是新三板市场发展的内在需求和必然结果，分层的主要目的是更好满足中小微企业差异化需求，合理分配监管资源，同时有效降低投资者的信息收集成本。
自全国股转系统扩大试点至全国以来，新三板挂牌公司数量快速上升，海量市场规模已经形成。截至2016年5月27日，全国股转系统挂牌公司数量已达7394家，且仍保持高速增长态势。随着挂牌公司数量的增加，挂牌公司在发展阶段、经营水平、股本规模、股东结构、融资需求等方面差异较大，在交易频率、价格连续性、市值等方面差异也越来越明显。面对海量挂牌公司，投资人在信息收集、标的遴选、研究决策等方面的难度也日益加大。通过分层管理，一方面以差异化的制度安排，对挂牌公司实现分类服务、分层监管，满足中小微企业不同发展阶段差异化需求，合理分配监管资源；另一方面则从盈利能力、成长性和市场认可三个维度划设创新层，对进入创新层的企业提出更高的信息披露及规范性要求，对挂牌公司形成引导效应，为投资人遴选标的及投研决策提供更充分的信息和更大便利。
此外，全国股转公司高度重视市场流动性问题，目前正根据市场的发展情况，研究解决流动性的措施。挂牌公司分层与解决市场流动性没有必然联系。
为满足申请挂牌公司进入创新层的需求，全国股转公司制定了企业申请挂牌时进入创新层的标准。申请挂牌公司进入创新层有三套标准，该三套标准与已挂牌公司进入创新层的三套标准基本一致。但考虑申请挂牌公司尚未经过挂牌后的规范化运作和持续监管，尚未公开交易和分散股权，也没有做市交易市值，因此，就准入标准作了适当调整：一是将“申请挂牌即采用做市转让方式”作为申请挂牌公司进入创新层的共同标准，以适当提高进入创新层的申请挂牌公司质量；二是就标准一增加了“申请挂牌同时发行股票，且融资额不低于1000万元”的要求；三是要求标准三中市值按照挂牌同时发行股票的价格计算，发行对象中应当包括不少于6家做市商，且融资额不低于1000万元，以提高发行市值的公允性。同时，申请挂牌公司合法合规方面还应当满足挂牌准入的要求。
拟进入创新层的申请挂牌公司，自评满足创新层标准的，应当在取得同意挂牌函后，办理挂牌手续时，按照挂牌业务操作指南的规定，及时填报分层数据并提交相关文件，并在挂牌提示性公告中公告其分层结果。
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