我现在电脑有两个主分区，一个主分区装系统，另一个主分区我想存文件，请问是否会影响主机运行速度？

基本不会。逻辑分区和主分区在使用上没什么区别。之所以有逻辑分区，是因为硬盘本身的物理结构决定的。读硬盘首先要读取零磁道，也就是超级块。超级块中存储的是硬盘的结构表。好比你要从一本书中找到需要的信息，就要先读目录，然后翻到相关的页码。超级块就相当于目录。与读书不同的是，读硬盘必须从目录读起，如果目录损坏，硬盘就报废了。 由于硬盘的物理设计结构，超级块只能存储四个结构信息，也就是四个指针，指向相应结构分区的起始点，因此，一块硬盘最多只能分成四个主分区。但人们有时需要更多的分区，为了解决这个问题，可以将其中一个主分区改成扩展分区，扩展分区中可以划分逻辑分区，超级块中对应扩展分区的指针指向一个新的分区表，该分区表纪录各个 逻辑分区的结构信息。这就逻辑分区的由来。

在你系统根目录下，通常是C盘，有一个隐藏的系统文件叫做boot.ini，其内容通常如下

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect

其中timeout=30是指进入选择画面后开始倒计时30s，如果用户不做任何操作则自动进入
"default=" 后面的代码所指代的系统，代码的含义在[operating systems]后面有说明。

您需要做的是，第一
timeout=0
第二
default=你想要自动启动的那个系统代码

补充一点,这同2楼梯提到的方法是等价的

朋友你是用什么软件将硬盘分为两个主分区的？
就你的描述来看，我推断你不是有两个主分区，而是安装了两个操作系统，先安装的那个是装在主分区的，后安装那个不在主分区，而是在逻辑分区。
比如先安装xp到C盘，然后再安装win7到D盘，这样的安装方式是不会增加你的主分区的，这两个操作系统的启动文件其实都是在C盘，即是你唯一的主分区，而win7的系统文件则安装在你的逻辑分区D盘上，如果你的C盘损坏的话，这两个系统都无法启动了。
这样安装的双系统是可以在高版本的系统中调节启动顺序的，比如同是装xp和win7的话，你在win7的启动菜单管理里面是可以选择启动顺序和等待时间的（具体在什么地方我忘记了，因为我比较熟识xp，win7少用，呵呵），而你在安装win7的那个逻辑盘存放其它文件是没问题的，只要你不是频繁地保存、删除大量的文件而产生大量的磁盘碎片的话，是不会影响系统速度的。

主分区，也称为主磁盘分区，和扩展分区、逻辑分区一样，是一种分区类型。主分区中不能再划分其他类型的分区，因此每个主分区都相当于一个逻辑磁盘（在这一点上主分区和逻辑分区很相似，但主分区是直接在硬盘上划分的，逻辑分区则必须建立于扩展分区中）。
自动启动问题 你是说让 运行时 自动选择 你想进的那个系统是么？
右键我的电脑-高级-启动和故障回复-设置-默认系统-选择你相拥的系统就可以了

主分区是系统可以启动的,扩展分区不能起动,使用是一样的,

那是系统备份，用pq 格式化