《神农本草经》全书3卷，共收载药物365种，采用上品、中品、下品分类法，以补养无毒药120种为上品，以遏病补虚、有毒或无毒的120种为中品，以除邪多毒药125种为下品，这是我国药物学最早、最原始的药物分类法。
《神农本草经》在药物理论方面，概括记述了君臣佐使、七情和合、四气五味、阴阳配合等理论，并且明确了“疗寒以热药，疗热以寒药”的原则，使药物性能与病机更紧密地结合起来，完善了中医学的治疗理论。对药物功效、主治、用法、服法都有一定论述，很便于临床应用。
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