至少100或150bp以上吧
测序出来的峰图最开始的碱基不会正好就是紧挨着引物后边那个碱基，并且考虑的测序刚一出来的峰图前100bp，有时候可能不太准确并且可能会有杂峰一类的情况，所以LZ你在设计引物时最少也要在那个位点前后100bp的地方设计，个人感觉这个已经是极限了，在短的话就有可能测不出来了。建议最短的话也要150bp，100的话如果万一引物不是很好或测的不好就很有可能出不来。反正我设计的时候最短尽量都控制在150
LZ有可能的话最好在那个位点前后3-400bp的地方设计引物，那样的话测出来后那个位点大概会在峰图的中间（一次测序大概能测出800个有效的碱基），准确度可以得到很好的保证，只要你引物没有问题。
哈哈本人才疏学浅，以上意见仅供LZ参考，如果有不对的地方还请各位网上的大侠们指出^_^
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