在此次交易新规中，盘后存在协议转让和特定事项协议转让两种方式。其中，盘后协议转让的门槛为10万股或成交金额100万元，特定事项协议转让则适用收购等特殊情况。业内人士认为，盘后的协议转让实质上已与A股市场的“大宗交易”制度类似。盘后“大宗交易”配合盘内的集合竞价及做市转让，使得新三板市场股票交易制度得到完善。
“在成熟的资本市场，交易所一般都会设置盘后大宗交易机制，便于大股东以及机构投资者进行大宗股票交易转让。”业内人士付立春认为，相比过去的盘中转让方式，盘后协议转让的优势明显。首先，对二级市场股价不会产生影响；其次，解决了大宗股票转让的需求。
付立春指出，盘后的协议转让与过去盘中协议转让差别很大。过去的盘中协议转让，由于没有交易量的限制，在流动性不足的情况下，少量的交易就可能使得股票价格暴涨暴跌，出现了不少股价混乱的情况，让股票的价值价格发现产生偏差。而新规下的“大宗交易”制度配合盘中的交易定价，在纾解流动性的同时，也解决了之前频发的股价失真乱象。
在旧的协议转让制度下，利用规则漏洞进行的“1元交易”的情况频发。2016年12月8日，新三板挂牌企业大乘科技股价从前一个交易日的5元/股跌至0.01元/股。而8万股的成交额仅为800元，导致当日股价跌幅达到99.8%；次日股价却飙升至20元/股，创下199900%的涨幅。放眼过去的新三板全场，大乘科技并不是个案，这样的情形在采取协议转让方式的挂牌公司中大量存在。这一方面为投机者操纵股价提供了土壤，也让二级市场中协议转让股票价格系统性失真现象凸显。
2017年9月，全国股转公司对万国体育控股股东邢金红采取了要求提交书面承诺的监管措施。邢金红在8个交易日用25.1万元将万国体育的股价从250元/股“砸”到1元/股。在邢金红及其担任执行事务合伙人的合伙企业以1元/股的价格转让123.3万股给邢金红个人控制的企业后，又在8个交易日内，用50.36万元将万国体育股价拉出8个涨停，收盘价从1元/股拉升至251.8元/股。在新交易制度下，滋生上述乱象的规则漏洞被堵死。在新规推出后，交易双方要么在盘中进行不连续竞价交易，每个转让日撮合1次或5次；要么盘中进行做市交易，基本取消了盘中的“手拉手”协议转让。这种点对点的互报成交转让只能在盘后进行，且门槛提高到不低于10万股或转让金额不低于100万元。
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