有机肥有发酵习性，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
1、有机肥腐熟国家标准可参考有机肥国家标准NY525-2012：
有机肥最新目前实施标准为NY525-2012，代替原有的NY525-2011，于2012年3月1日发布 2012-6-1日实施，中华人民共和国农业部发布。
2、自制有机肥腐熟（好氧发酵）可参考：
在堆积、搅拌、通风的好氧状态下，利用微生物分解原材料中的有机物，分解产生的热量可使水分蒸发，能杀死病原菌、寄生虫卵和杂草种子，是一安全、卫生、有机物稳定化的过程。
通过以上方法，腐熟的有机肥应该是无臭无蝇的，颜色应该是黑色或褐色。
未腐熟的有机肥对农作物有危害原因主要有三点：
未腐熟的有机肥埋入土中不能直接被植物吸收利用，只有经过腐熟发酵后分解成植物能直接吸收的营养成分和蓬松介质，不仅提供营养还能改善土质。
未腐熟的有机肥埋入土中后会发酵生热，严重时会烧坏植物根系。
植物的根除了吸收水溶性养分，还必须进行呼吸，因此很多植物使用的优质土壤都具备疏松、渗水、透气的特点。如果加入未腐熟的有机肥，在发酵的过程中会产生各种有害气体，填满土壤中的间隙，使植物根系无法呼吸而坏死。
未充分腐熟的有机肥为害大，可能会带有很多病菌和虫卵，直接造成作物病虫害加重。直接浇在作物根际可能会造成烧根的情况发生。所以必须要充分腐熟有机肥再使用。
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