不会扣小车驾驶证的分,因为农机驾驶证和机动车驾驶证的管理机构是分开的,农机驾驶证由农机监理机构管辖,机动车驾驶证由车辆管理所管辖;罚款应该到违法行为地的交警大队交。根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》
第二章 管 辖
第四条 交通警察执勤执法中发现的违法行为由违法行为发生地的公安机关交通管理部门管辖。
对管辖权发生争议的,报请共同的上一级公安机关交通管理部门指定管辖。上一级公安机关交通管理部门应当及时确定管辖主体,并通知争议各方。