两个税率针对两种纳税人，享受的税收的政策不一样。
首先、3%为小规模纳税人增值税税率；17%为一般纳税人增值税税率
其次，小规模纳税人不能抵扣进项税，只有一般纳税人才能抵扣进项税额。
再者、一般纳税人抵扣进项税的条件：
（1）必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税。
（2）取得小规模纳税人在国税代开的增值税专用发票，可以按3%抵扣进项税。
一般纳税人开增值税专用发票，小规模纳税人开普通发票，二者区别在于：
区别就在于购货方，取得增值税发票就可以抵扣，普通发票就不可以抵扣，不抵扣对他的是否交税就有影响。因此一般纳税人都要增值税发票。
1.增值税发票是具有一般纳税人资格的企业开具的，普通发票是小规模纳税人开具的。
2.增值税发票是电脑票，用专门的打印机在票面上打印，普通发票有很多是在票面上手写。
3.进项增值税发票经过认证可以抵扣税金，普通发票不能抵税。
进项税抵扣以增值税专用发票记载的金额为准，不管税率是多少，只要你取得的是正规的发票，并且用于应税商品和劳务就可以抵扣
开票的税率是税务局根据你的经营项目给你核定的，核定给你了就可以开，不管有几档，不过你开票的时候要分清楚不同的税率对应的商品和劳务
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