朱元璋一介布衣，跃为皇帝，为了加强统治，就在朝廷设立了锦衣卫，掌管宫中所有事宜，帮助皇帝收集军情和大臣的秘密。这些锦衣卫是皇帝直辖，不受任何人管制，哪怕逮捕大臣，也不用向任何人报备，权势很大。朝廷大臣对锦衣卫非常畏惧，生怕自己被锦衣卫盯上，失去性命。朱棣当上皇帝后，向父亲学习，将锦衣卫带在身边。但又担心锦衣卫脱离他的控制，为此建立了东厂，希望两者制衡。厂卫制度在明朝开始盛行，锦衣卫和东厂分庭抗礼。
然而不为人知的是，明朝还有一个特别低调的机构，可谓是大明朝第一神秘机构，其行事手段之毒辣远胜东厂锦衣卫。这个机构就是内行厂，它是在公元1506年由明武宗朱厚照设立的。内行厂设置之初，其职责就是监视东厂、西厂和锦衣卫。单单从它的职责中我们就可以看到，内行厂的地位明显高于“两厂一卫”。其它特务机构的成员碰到内行厂的人都表现得毕恭毕敬的，还要时不时对内行厂的首领低头哈腰。那么当时内行厂的首领是谁呢?就是著名的大太监刘瑾。
内行厂相比其他三位来说更甚，不仅仅是皇帝的天下消息的爪牙，而且内行厂的勘查范围相比起其他三位来说更广泛，上到大臣，下到百姓都可以监察。甚至他们当时按照皇上的授意，其他三厂的范围也在他们的侦察之类，如果其他三场官员犯下大事，只要品级不是太高，内行厂完全可以不通报皇上自行扣押。
也正是如此，内行厂的权力在当时很大，锦衣卫和东西两厂的官员见到内行厂的官员后，也是浑身发抖，生怕他们犯下什么错事，被内行厂盯上。不过当时他们害怕内行厂也并不是没有原因的，内行厂直接受皇帝管辖，除了皇帝外，他们不惧怕任何人，抓到人后也是不问任何原因就严刑酷打。
明武宗正德初年，以当时八虎之一的马永成掌管东厂，以八虎的另一成员谷大用掌管西厂。当时司礼监太监刘瑾因与他们有矛盾，又在京师荣府旧仓地(即四司之一的惜薪司)另设内行厂，自成系统，侦缉范围比锦衣卫、东厂和西厂三个特务机构还要大，除监察臣民外，锦衣卫、东厂和西厂也在监察之例，权势居东、西厂之上，用刑尤为酷烈。
锦衣卫侦伺一切官民，东厂负责侦察官民和锦衣卫，西厂监视东厂。内行厂则监视官民和厂卫，而皇帝直接领导与监督所有侦察机关，构成一套侦察特务体系。正德五年刘瑾倒台后，内行厂与西厂亦一同被裁撤。虽然内行厂仅存在五年，但亦残害了不少忠良。《明史·刑法志三》载：''得颛刑杀，擅作威福，贼杀良''。
在刘瑾控制下的内行厂，直接凌驾东西二厂以及锦衣卫，刘瑾借此打击同僚、压迫群臣。即便是像王时中、汪澄这样仗义执言并无大罪的御史，也在内行厂的迫害中死去。内行厂时刻监视者民间的舆论动态，全国百姓都在侦查缉捕的范围中，因此一时间也没人再敢揭露刘瑾、武宗的荒唐事。
不过和上层刘瑾大肆打压忠良的黑暗氛围不同，明朝的基层政治虽然压抑，却因为厂卫制度的协同运作，也算得上吏治清明，这是因为东西两厂稽查官民、锦衣卫稽查文武百官、平民百姓，而内行厂则直接侦查东西两厂，形成平衡之态。
刘瑾垮台之后，内行厂、西厂也被撤销，从此明朝只剩下了东厂、锦衣卫。明朝末年，魏忠贤利用东厂审查官员，而后将他们丢入锦衣卫大牢，严刑拷打，酿成一桩又一桩惨案，一时间厂卫遍布全国，甚至差点激起民变，因而也有人说“明朝亡于厂卫。”
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