法院可以在赔偿款中扣取执行费,因为申请人在申请执行时是不预交申请费的,申请执行费,在执行款到位后,直接从执行款中扣除。
《诉讼费用交纳办法》:
第十条 当事人依法向人民法院申请下列事项,应当交纳申请费:
(一)申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书,仲裁机构依法作出的裁决和调解书,公证机构依法赋予强制执行效力的债权文书;
第二十条 案件受理费由原告、有独立请求权的第三人、上诉人预交。被告提起反诉,依照本办法规定需要交纳案件受理费的,由被告预交。追索劳动报酬的案件可以不预交案件受理费。
申请费由申请人预交。但是,本办法第十条第(一)项、第(六)项规定的申请费不由申请人预交,执行申请费执行后交纳,破产申请费清算后交纳。
本办法第十一条规定的费用,待实际发生后交纳。