大肠杆菌的治疗可通过常规药物来进行，其中以氟喹诺酮类药物效果为佳。目前主要应用于临床治疗的有诺氟沙星、恩诺沙星、氧氟沙星等，但不宜长期使用。因其可造成肠道菌群失调，影响饲料利用率，降低增重率并可导致一系列肠道反应。同时，大肠杆菌和沙门氏菌都易产生对抗生素的耐受性，而且多重耐药现象严重。因此，对细菌性疾病的治疗，采用药敏试验选择合适药物是一个很好的办法。
沙拉沙星是第一个被美国食品药物管理局（FDA）批准用于食品动物的氟喹诺酮类药物。沙拉沙星抗菌谱广，对大多数革兰氏阴性菌、阳性菌、支原体及某些耐药菌株有很好的抗菌活性。细菌对沙拉沙星单步自发耐药频率低，但诱导耐药性MIC值显示，细菌多次接触该药后，也会产耐药性。所以。在使用药物治疗时，应注意几种药物的适当配伍或交替使用，有利于延缓耐药菌株的产生，从而取得良好疗效。
链霉素
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