通俗地讲就是用来生产食用菌的“种子”。它与高等植物的种子不同,从广义上讲,菌种是指以保藏、试验、栽培和其他用途为目的,具有繁衍能力,遗传特性相对稳定的孢子、组织或菌丝体及其营养性或非营养性的载体。菌种是重要的一种生物资源。据其使用的目的不同,主要可分为保藏用菌种、试验用菌种和生产用菌种。从食用菌栽培角度而言,即从狭义上说,就是指生产用菌种,即指以适宜的营养培养基为载体进行纯培养的菌丝体,也就是培养基质和菌丝的联合体。一般是包装在一定的容器里,如试管、玻璃瓶、塑料袋等容器。