1、985、211侧重对大学的评定，“双一流”侧重对学科的评定
无论是“985工程”的39所大学(含国防科技大学)还是“211工程”的100多所大学，都是基于对学校综合实力的整体评价。尽管之前也有国家重点一级学科和二级学科的评定，但社会对一所大学的整体认知，还是只看“牌子”不看学科，影响并不大。
而“一流大学建设高校”和“一流学科建设高校”，则是先有“一流学科建设高校”名单(137所)，再在此基础上选出“一流大学建设高校”(42所)。也就是说，先看一所大学有没有若干个很强的学科(专业)，再主要根据学科综合实力来评定一所大学的强弱。
2、985是211的“升级版”(211包含985)，“双一流”则不存在交叉
如果说211是重点班，985就是重点班里的重点班。“985工程”大学均为教育部或其他中央部委直管，也称部属高校;除985外的“211工程”大学则多为省部共建高校，地方属性更强一些。但985大学都是211大学。
“双一流”则是两个平行的评价体系。“一流大学建设高校”重在一流学科基础上的学校整体建设、重点建设，全面提升人才培养水平和创新能力，共计42所，在原来39所985大学基础上新增3所。
“一流学科建设高校”重在优势学科建设，促进特色发展，共计95所。除了之前的大部分“非985”211大学，主要增加了26所特色明显的高校，其中艺体类高校有6所：中国音乐学院、中央美术学院、中央戏剧学院、上海体育学院、上海音乐学院、中国美术学院。
3、985、211是固化的标签，“双一流”则是有进有出
985、211高校名单确定已有近20年，这两项工程对促进我国高等教育发展发挥了巨大的作用。但是缺陷也有目共睹，很多非985/211高校发展很快，但是受制于“非重点”“非部属”的标签，学校办学实力并不为社会所认可。很多地方和大学对此多有不满。
而“双一流”是一个动态建设过程，遴选认定不是一劳永逸的。教育部明确提出：“双一流”建设以学科为基础，对建设过程实施动态监测，根据评价结果等情况，对实施不力、进展缓慢、缺乏实效的，提出警示并减小支持力度。对于建设过程中出现重大问题、不再具备建设条件且经警示整改仍无改善的高校及学科，及时调整出建设范围。建设期末，将根据期末评价结果等情况，重新确定下一轮建设范围，有进有出，打破身份固化，不搞终身制。
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