厌氧微生物缺乏完善的呼吸酶系统,利用氧以外的其他物质作为受氢体,只能在低氧分压或无氧环境中进行发酵。有游离氧存在是,不但不能利用分子氧,且还将受其毒害,甚至死亡。这是因为它在有氧环境中进行物质代谢常产生超氧阴离子和过氧化氢,两者对其都有强烈的灭杀作用。厌氧微生物因缺乏过氧化氢酶、过氧化物酶、超氧化物歧化酶或氧化还原电势高的呼吸酶类,故在有氧时受到有毒氧基团的影响,就不能生长繁殖。
但是不同的微生物其厌氧的程度还是有所差别的。
专性厌氧菌是指在无氧的环境中才能生长繁殖的细菌。此类细菌缺乏完善的呼吸酶系统,只能进行无氧发酵,不但不能利用分子氧,而且游离氧对其还有毒性作用。
厌氧微生物的生存要求较低的氧化还原电位eh值环境的原因是它们的一些脱氢酶系包括辅酶i、铁氧还蛋白和黄素蛋白等要求低的eh值环境才能保持活性。