农民专业合作社的设立人申请设立登记的，应当向登记机关提交的文件包括：①登记申请书；②全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；③全体设立人签名、盖章的章程；④法定代表人、理事的任职文件及身份证明；⑤出资成员签名、盖章的出资清单；⑥住所使用证明；⑦法律、行政法规规定的其他文件。农民专业合作社向登记机关提交的出资清单，只要有出资成员签名、盖章即可，无需其他机构的验资证明。
上述材料准备好后，就可以向工商行政管理部门提出设立申请，工商行政管理部门认为各种文件符合法定要求就会受理登记。经工商行政管理部门审核各种文件材料属实、符合法定要求，就会及时向设立申请人颁发证明，并将证明以及登记的有关情况作周知性的公告。不符合法定要求的，则会收到来自工商行政管理部门的不予登记通知书。
《农民专业合作社法》还明确规定，农民专业合作社的登记工作，在登记机关受理之后的20日内必须办理完毕。20个工作日的期限规定，也适用于变更登记和注销登记等。地方工商管理部门登记机关办理农民专业合作社登记时，不收取费用。
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