南京长途汽车东站和南京汽车客运站并不是同一个。长途汽车东站位于玄武大道和花园路的交叉口，南京林业大学的东门。南京汽车客运站又称小红山客运站，位于南京站北广场。2014年中央门汽车站搬迁至南京汽车站，规划中长途汽车东站也要合并搬迁。但由于南京汽车站规模比预期小，所以长途汽车东站并未搬迁，只是在线路和班次上稍作调整。
另附机场去这两个汽车站的路线：首先是可以选择乘坐机场大巴（直达）至南京站。但由于机场大巴在南京站停靠与南广场东，所一需要竞夺南广场，路过黄家圩路绕到北广场，所以不太方便。到长途汽车东站应该也有班车。
其次推荐公交地铁线路：可以先乘坐地铁机场线（S1）至南京南站。换乘地铁1号线至中华门再换乘2路可至长途汽车东站；换乘地铁1号线或者地铁3号线可至南京站。
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