A、不能科学的解释遗传和变异的本质，属于自然选择学说的局限性，A错误； B、对生物进化的解释局限于个体水平，属于自然选择学说的局限性，B错误； C、自然界中所有的生物都有共同的祖先，不属于自然选择学说的局限性，C正确； D、不能很好的解释物种大爆发等现象，属于自然选择学说的局限性，D错误． 故选：C．
