内部审计组织机构一共有五种设置模式。内部审计组织机构设置模式分别是董事会下设审计委员会，在行政系统——经营管理系统设置审计机构、设在董事会、设在监事会、隶属于总经理、隶属于财会部门这五种设置模式，其五种设置模式的特点和利弊如下：
①内部审计组织机构设置模式：在行政系统——经营管理系统设置审计机构。该机构是内部审计组织机构中最高层次、地位和独立性的内部审计组织机构设置模式，其有利于审计人员独立开展工作。
②内部审计组织机构设置模式：设在董事会。设在董事会是内部审计组织机构中很高层次、地位和独立的内部审计组织机构设置模式，地位仅次于在行政系统——经营管理系统设置审计机构。设在董事会的内部审计机构不足之处表现在董事会是集体讨论制，凡事都通过董事会集体讨论决定，正常的审计工作就很难进行。
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