可以，但是算滞留情况。
“签证有效期”指的是这段时间内你选择哪一天来用该签证入境日本都可以，逗留期限的长短完全取决于你签证上给的时间，不是说你可以在那里逗留3个月。说关键的地方，根据日本入管局的规定，超过签证的允许逗留时间后就属于非法逗留，回国是肯定给你回去的，而且罚款什么的几乎不太可能，但是以后你再次获得日本入境签证的可能性就几乎不存在了。
