不会啊只要你有签证,都航空公司都会给你出票的。而且不像中国,航空公司查了你的签证,边检还会在查一次。外国的边检没有这种义务。只要航空公司认可就可以了。他们航空公司有个系统可以查验你的签证。只要真的就不怕啊
还是直接在日本的马来西亚领馆区签证吧,挺方便的