1912年北洋政府改北洋军镇、协、标、营为师、旅、团、营，并大肆扩军，增编12个师、16个混成旅。1913年袁为镇压“二次革命”，派4个师、3个旅及武卫军（张勋部）对南方革命党人发动进攻，击败讨袁军，将原驻直、鲁、皖的北洋军势力发展到除滇、黔、桂及边远地区以外的长江以南各省（见讨袁战争）。1912-1914年，北洋军先后在豫、鄂、皖、陕、甘等省镇压了白朗农民起义军（见白朗起义）。1914年袁任命参谋本部次长陈宦为四川军务会办，并令其率北洋军3个混成旅入川。袁利用掌握北洋政府权力，极力扩大北洋军。至1916年初，北洋政府直辖和依附的军队共计33个陆军师、97个混成旅（含部分步、骑兵旅）、33个混成团（含部分独立步、骑兵团），总兵力达120万人，其中一半以上为北洋嫡系部队。随着北洋军实力急剧膨胀。
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