大约下午3点多到日本成田机场，之后就是自由活动时间，我想坐车出去转转，去哪里比较近一点？

这些地方都不近
因为成田机场在千叶，到市区最快的列车“スカイアクセス”也需要36分钟，更何况这车班次还不多。如果坐慢一点的“City Liner”，则需要51分钟
http://www.keisei.co.jp/keisei/tetudou/skyliner/cn/timetable_ueno.html
坐慢吞吞的JR东日本N'EX光到东京站都需要一个多小时
http://www.jreast.co.jp/nex/timetable/from_narita/index.html

成田到新宿N'EX直达，这车到涩谷和池袋也有停（但是班次极少）
所以你直接坐NEX到新宿就可以了，新宿到涩谷有山手线（琦京线并行），如果有直接到涩谷的班次你就坐到涩谷，没有的话在新宿换山手线
スカイアクセス只到上野和日暮里，但是也可以坐山手线直接去新宿和涩谷

去东京塔的话
附近比较近的电车站是地铁“都营大江户线”的赤羽桥站
所以
如果坐N'EX的话，需要到东京站换山手线到浜松町，然后走一截路到马路对面的大门站去坐地铁，往赤羽桥方向坐
如果是京成特急スカイアクセス，则须在日暮里下车，换山手线，如上行动
这是最麻烦的线路，因为其他地方都很好换车唯独这地方不好换

为什么我感觉你的行程和这条问题如此相似，是同一种团么？
http://zhidao.baidu.com/question/130982531.html