应该是: do sth with ... (采取一些措施来处理...), 这里的sth就是what,由于是疑问词,所以从do的后面调到前面去了。with the seed 是介词短语作状语。 全句汉语意思: 你能猜猜我们采取什么措施来处理种子吗?
本句与do with 短语没有毛关系,更不等于deal with。即 根本不是所谓固定搭配。与处理应付不搭边。
Can you guess 是主谓what we do with the seed是宾语从句。其中what引导宾语从句并作从句中do的宾语 ,with the seed 是介词短语作从句中的方式状语,with是使用的意思。
本句意思:你能猜出我们用该种子干什么吗?