A．氢氧化钠中钠离子和氢氧根离子之间存在离子键，氢原子和氧原子之间存在极性共价键，故A错误；B．水中氢原子和氧原子之间只存在共价键，故B错误；C．氯化镁中氯离子和镁离子之间只存在离子键，故C错误；D．过氧化钠中钠离子和过氧根离子之间存在离子键，氧原子和氧原子之间存在非极性共价键，故D正确；故选：D．
