建文帝当时做过最错误的决定，就是把朱棣的儿子放回了朱棣的身边。建文帝的性格太过于宽厚，当时朱棣的儿子本身在京城，如果建文帝可以控制住朱棣的儿子的话，那么朱棣并不会造反，但是朱棣当时以装病为由让自己的儿子回到自己的身边。在确保自己儿子安全的情况下朱棣选择造反。
不仅如此，当时他在对抗朱棣军队的时候也没有运用好将领。其实在之前建文帝是派耿炳文去抵抗朱棣的军队的，耿炳文是一个非常有能力的将领。虽然他当时与朱棣军队作战没有获得战争的胜利，但是他有着非常强的防御能力。建文帝在知道他没有获得战争胜利之后非常失望，于是就不再信任他换取了另一个没有作战经验的将领去抵抗朱棣军队。朱棣当时之所以没有选择对京城发起进攻主要就是无法突破耿炳文的防御，在知道建文帝换了手将之后朱棣就立马选择进攻。就是因为建文帝当时对耿炳文的不信任，所以才导致整个局面发生逆转。
建文帝当时并没有彻底的了解耿炳文这名将领。他其实防御工作做得非常好，但是建文帝却派他进攻。如果进攻的话建文帝显然派徐辉祖将是一个更好的选择，但是建文帝在那个时候却选择让他去进行防御。就是因为建文帝在用人这方面出现了问题，所以才会被朱棣军队打败。朱棣在年轻的时候便跟随着他的父亲朱元璋一起征战沙场。
可以说当时已经记载下来了丰富的作战经验，但是这时建文帝却派出只会纸上谈兵并没有实际经验的将领去与朱棣军队进行作战。结果显而易见，当然是朱棣军队轻易获胜。虽然当时朱元璋为了能够让建文帝更好的统治朝政帮他清理后路，但是朱元璋却没有朱棣这个定时炸弹给排除。毕竟朱棣是他的亲儿子，他不可能对朱棣下死手。
