当地官军将领派兵镇压，被起义军打得落花流水，两名宋将被杀死。起义军乘胜攻进青溪县，赶跑了那儿的县官。接着，又接连打下了几十座县城，很快打到了杭州。战报传到东京，把宋徽宗吓昏了。宋徽宗赶快派童贯带领十五万官军到东南去镇压起义。童贯到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻用宋徽宗的名义下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱面力撤职。东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，罢免了朱面力，总算出了一口气。童贯却在这时候，加紧部署镇压起义的兵力。
童贯集中各路大军进攻，方腊不得不退回青溪，据守在山谷深处的帮源洞坚持战斗。官军不知道山路，没法进攻。不料，起义军里出了奸细，给官军引路。官军终于摸到帮源洞，方腊没有防备，被俘虏了，没多久，被押解到东京，惨遭杀害。
方腊起义虽然失败了，但是给了北宋王朝一次沉重的打击。和他同时期，在北方也爆发了大规模的起义，起义领袖宋江等三十六人从山东起兵，在青州、齐州、濮州(都在今山东省)流动作战，每次都痛击宋军，威胁着宋朝廷。
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