自然分解是兆御禅无害化处理死猪的最环保节能的方法。建一些容积大的带密封盖的水泥池子，然后把死猪投进池子里，如果是流行或是传染疫病的死猪，则最好混合生石灰一起投进去。投完后，就把盖子盖起来，让死猪自然分解，一年以后，就可以把池子里的分解物当有机肥族尘料使用了。
自然分解法需要建立无害拆卜化处理池，投入的成本比较高，处理周期也比较长，适合大量集中处理死猪。因此，在养猪业密集地适用这种方法，一般的个体散户不适用这种方法。
